Komerčné testy DNA: Skutočne dokážu odhaliť riziko chorôb?

Milióny ľudí využívajú genetické testy na to, aby sa dozvedeli niečo o svojich predkoch alebo o rizikových faktoroch chorôb. Nie všetky genetické testy sú však spoľahlivé, najmä pokiaľ ide o veľmi zriedkavé genetické poruchy.

Falošne negatívne výsledky môžu vyvolávať nesprávny dojem, že je všetko v poriadku, zatiaľ čo falošne pozitívne výsledky môžu viesť k zbytočnej liečbe a dokonca aj chirurgickým zákrokom.

Vedci z univerzity v Exeteri sa rozhodli situáciu preskúmať po tom, čo sa dozvedeli alarmujúce správy o ženách, ktoré sa rozhodli pre zbytočný chirurgický zákrok, a to kvôli falošne pozitívnym výsledkom testu na gén BRCA1 pre rakovinu prsníka.

To, čo zistili, bolo šokujúce. V prípadoch veľmi zriedkavých genetických porúch je takmer vždy nespoľahlivý typ genetického testu, ktorý využíva čipy s jedným nukleotidovým polymorfizmom (SNP). Závery boli publikované v akademickom časopise The BMJ. Autorka štúdie Caroline Wright vo vyhlásení univerzity uviedla:

„Čipy SNP sú vynikajúce pri detekcii bežných genetických variantov, napriek tomu si musíme uvedomiť, že testy, ktoré fungujú dobre v jednom scenári, nie sú nevyhnutne použiteľné pre iné. Potvrdili sme, že čipy SNP sú veľmi slabé pri detekcii veľmi zriedkavých genetických variantov spôsobujúcich ochorenie, často poskytujú falošne pozitívne výsledky, ktoré môžu mať hlboký klinický dopad.“

Prečo sú testy SNP také nespoľahlivé?

Tím vedcov porovnával spoľahlivosť SNP čipov, najbežnejšieho komerčného testu, so sekvenovaním DNA. Toto je metóda, ktorú väčšina diagnostických laboratórií používa na testovanie zriedkavých patogénnych variantov.

Širokospektrálny prístup čipov SNP skenuje genetické variácie na státisícoch špecifických lokalitách pozdĺž ľudského genómu. Tento proces je ideálny na testy predkov alebo na zistenie bežných multifaktoriálnych genetických porúch, ktoré sa vyskytujú u viac ako jedného zo 100 ľudí - napríklad cukrovky 2. typu.

Zhlukovanie údajov SNP funguje dobre, keď existuje veľa jedincov s podobnými genotypmi. Vzhľadom na množstvo dôkazov o genóme je oveľa jednoduchšie nájsť bežné genetické dôkazy. Nájdenie vzácnych genotypov je na druhej strane podobné ako nájdenie ihly v kope sena.

Keď si uvedomíte, že jednou z týchto zriedkavých porúch jedného génu je postihnutých menej ako jeden z 10 000 ľudí, existuje oveľa menšia genetická stopa, ktorú je potrebné odhaliť. Medzi choroby, ktoré sú najčastejšie spôsobené mutáciou jedného génu patria dedičné druhy rakoviny, cystická fibróza, svalová dystrofia a Huntingtonova choroba.

Takmer vždy nepravdivé výsledky

Pre túto štúdiu vedci porovnali predtým zhromaždené údaje o SNP a od 49 908 účastníkov britskej biobanky, ako aj malý výber výsledkov genetických testov od komerčnej spoločnosti.

Výsledky porovnania zistili, že čipy SNP sú úplne nespoľahlivé pri poskytovaní výsledkov testov pre najvzácnejšie genetické varianty. Z 105 575 najbežnejších variantov v britskej biobanke dosiahli čipy SNP presnosť 99 percent. Pre veľmi zriedkavé varianty genetického ochorenia však mohla metóda sekvenovania DNA potvrdiť iba 16 percent výsledkov SNP.

Inými slovami, išlo o 84 percent falošne pozitívnych výsledkov. Rovnako chybné boli aj výsledky komerčných testov. Z 21 účastníkov dostalo 20 (95%) najmenej jeden falošne pozitívny výsledok pre zriedkavý variant z dôvodu chýb v genotypizácii. Spoluautorka štúdie Leigh Jackson uviedla:

"Počet falošne pozitívnych výsledkov na vzácne genetické varianty produkované čipmi SNP bol šokujúco vysoký. Aby bolo jasné: veľmi zriedkavý variant spôsobujúci ochorenie zistený pomocou čipu SNP je pravdepodobnejšie nesprávny ako správny."

Ako si môžu byť lekári istí, že výsledky sú presné?

Autori štúdie poznamenávajú, že v určitých komerčných spoločnostiach došlo k určitému zlepšeniu presnosti, ale nie natoľko, aby zodpovedali za chybné informácie, ktoré vzniknú, keď si spotrebitelia stiahnu nespracované údaje a pokúsia sa ich analyzovať sami alebo pomocou tretej strany. Jackson dodáva:

„Aj keď niektoré spoločnosti zaoberajúce sa spotrebiteľskou genomikou uskutočňujú sekvenovanie, aby overili dôležité výsledky skôr, ako ich poskytnú zákazníkom, väčšina spotrebiteľov si tiež stiahne svoje nespracované údaje z čipov SNP na sekundárnu analýzu a tieto nespracované údaje obsahujú tieto nesprávne výsledky."

V týchto situáciách sú podľa vedcov isté falošne pozitívne výsledky. "Dôsledky našich zistení sú veľmi jednoduché," uzatvára Jackson. „Čipy SNP vykazujú nízku výkonnosť pri detekcii veľmi zriedkavých genetických variantov a výsledky by sa nemali nikdy používať na usmernenie lekárskej starostlivosti o pacienta, pokiaľ neboli overené.“

Vedci odporúčajú, aby lekári pred poskytnutím ďalšej lekárskej pomoci vždy použili štandardný diagnostický test na potvrdenie akýchkoľvek pozitívnych výsledkov SNP. Rovnako negatívne výsledky SNP by u osôb s rodinnou anamnézou alebo s príznakmi ochorenia mali byť overené ďalšími testami.